生物质锅炉的运行成本主要由燃料成本、人工成本、维护费用及电耗组成，其中燃料成本占比最高，约占总运行成本的60%-70%。以生产一吨蒸汽为例，生物质锅炉的综合成本通常在150元至400元人民币之间（具体取决于当地燃料价格）。相比之下，天然气锅炉的成本约为240-330元，电锅炉则高达250-360元，而燃煤锅炉虽燃料便宜但加上高昂的环保治理费用后，综合成本优势已不再明显。如果企业自身产生大量生物质废料（如家具厂、米厂），燃料成本可进一步降低甚至趋近于零。虽然生物质锅炉的初始投资略高于燃煤锅炉，且需要一定的人工进行上料和清灰（全自动颗粒锅炉除外），但其长期的燃料节省和免缴高额排污费的优势，使得其全生命周期成本极具竞争力。